大規模な災害時に迅速な対応をするために設置されたレプリロイドで構成された軍隊、レプリフォースはイレギュラーハンターと共にイレギュラーを回収していた。両者はこれまでお互いに助け合い、協力しながら、それぞれの任務を行っていた。 だがある日、巨大イレギュラーによって、空中都市スカイラグーンが占拠されその影響で下の町に落下、巨大イレギュラーがレプリフォース仕様のものであった事、レプリフォースの主力戦力として採用されている「ノットベレー」の姿が現場で見受けられた事などから、レプリフォースに疑いがかかる。 この事態にイレギュラーハンター側は、指揮官･カーネルに事情聴取の為の投降を要請したが、軍人としてのプライドを優先したカーネルはこの要請を拒否。 その結果、巨大な軍事力を持ったレプリフォースが最高司令官･ジェネラルをリーダーとして一斉にクーデターを起こし、各地を占拠してしまった。 イレギュラーハンター司令部は直ちにレプリフォース全体をイレギュラーと認定し、エックス、及びゼロに出撃命令を下した。